user14717
2016-12-27 03:19:36 UTC
Ik heb het volgende cif-bestand
loop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z ... Al2 Al -0.35936 (1) -0.08768 (9) -0.24188 (8) Al2 Al -0.35936 (1) -0.08768 (9) -0.24188 (8) Al 0.27044 (1) -0.35380 (9) -0.13044 (8) F1 F -0.5320 (2) -0.2015 (2) -0.3794 (2) F2 F -0.3800 (2) -0.2437 (2) -0.1891 (2) F3 F -0,0350 (2) 0,0944 (2) 0,1528 (2) ... N3 N 1,2782 (3) 0,7260 (3) 0,3726 (3) ... C2 C 1,0165 (4) 0,6764 (4) 0,2267 (3) C3 C 1,1053 (4) 0,6806 (4) 0,3576 (3) ... H1 H 1,015 (4) 0,603 (4) 0,147 (3) ... H6 H 1,068 (6) 0,773 (6) 0,220 (5) H7 H 1,100 (5 ) 0,761 (5) 0,441 (4) ... H10 H 1,303 (5) 0,653 (4) 0,319 (4) ... H12 H 1,070 (5) 0,574 (5) 0,364 (4) ... H16 H 1,328 ( 6) 0,749 (6) 0,471 (5) H17 H 1,313 (5) 0,801 (4) 0,348 (4) Interessant is het feit dat veel van deze 'fracties' van de cel lengte is groter dan 1, en veel zijn negatief. Naar mijn gevoel liggen deze atomen buiten de eenheidscel.
Moet de IUCr-definitie uit het CIF-woordenboek van _atom_site_fract_x aangeven dat het toegestane bereik is 0.0 -> 1.0 , maar vergeten?
Moeten deze atomen worden weggegooid, moeten ze in de eenheidscel worden gemodificeerd of moeten ze op een andere manier worden geïnterpreteerd?
Ik kon in de referentie niet vinden dat het bereik alleen is toegestaan van 0 tot 1.
@Martin- マ ー チ ン: Het staat niet in de referentie. De vraag is of het zou moeten zijn.
Ah, bedankt! Ik heb die lezing volledig gemist, sorry.
Alles zou in orde moeten zijn. Het eerste Al-atoom in de lijst (niet hierboven weergegeven) is willekeurig ingesteld op (0,0,0), dus je kunt hier gewoon een constant aan toevoegen (en hetzelfde voor alle andere atomen natuurlijk) als je niet van negatieve waarden houdt etc. Maar als je de dingen laat zoals ze zijn en xyz-coördinaten uitwerkt met behulp van de bekende transformatiematrices en de gegeven eenheidscelparameters, zou je de structuur moeten hebben. In deze structuur snijdt namelijk de eenheidscelgrens door het molecuul. De eenheidscel is alleen het herhalingspatroon, het heeft geen fysieke betekenis * per se *.
@porphyrin: Als je dit als antwoord plaatst, zal ik het markeren als geaccepteerd. Even terzijde, ik veronderstel dat chemici zich ongemakkelijk voelen om een plakje door (laten we zeggen) een benzeenring te steken en dat als je een conventionele eenheidscel met een plakje wilt, deze er gewoon in moet passen?