Vraag:
Computationele chemie: berekening van sterische effecten
logical x 2
2016-10-18 21:10:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Is er een manier om sterische krachten tussen atomen / atoomgroepen berekenen (bij voorkeur met vrije en open source tools)? Ik heb gehoord dat dit mogelijk is in het kader van NBO. Ik gebruik voornamelijk ORCA, nwchem en Gaussian09. Sterica is duidelijk een van de belangrijkste aspecten van organische chemie, maar toch kon ik bijna geen bronnen vinden over de computationele chemie-aspecten ervan. Het zou leuk zijn om een ​​manier te hebben om sterics te kwantificeren en het ook op de een of andere manier te visualiseren.

Heeft iemand daar ervaring mee?

Ik heb gewoon een vluchtige zoekopdracht uitgevoerd en kwam http://dx.doi.org/10.1063/1.3555760 tegen over berekeningen van het anomere effect. Ik weet niet zeker of de referentie verwijst naar wat u in gedachten had.
Hoe zit het met het gebruik van Bader's QTAIM? Er is [enige] (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp073801y) literatuur in dat verband.
Een antwoord:
user1945827
2016-10-19 12:50:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik denk dat je op zoek bent naar niet-covalente interacties; zo ja, dan is hier de gebruikelijke Wikipedia-link, https://en.wikipedia.org/wiki/Non-covalent_interactions

Maar nog belangrijker, hier is het artikel dat de software beschrijft, http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja100936w en hier is de blog van Prof Rzepa met 'niet-covalente interactie' doorzocht, http://www.ch.imperial.ac .uk / rzepa / blog /? s = niet-covalente + interactie

Dat is het begin, post opnieuw als je wilt weten hoe je het moet implementeren.

Handige links bedankt daarvoor. :) Maar ik bedoel niet echt de bredere niet-covalente interacties, ik bedoel sterische afstoting. En ik heb een aantal artikelen gezien die "nieuwe algoritmen" beschrijven hoe dat te bereiken, maar ik ben op zoek naar _ reeds bestaande software_.
Het lijkt erop dat een softwarepakket genaamd NBO 5.9 het zal doen. Nogmaals van de blog van Prof Rzepa, http://www.ch.imperial.ac.uk/rzepa/blog/?p=1887#comment-4793 ... hopelijk deze keer.
NBO 5.9 is echter eigen (en waarschijnlijk ook erg duur), ik weet dat er het open source alternatief JANLA is, maar ik kon geen informatie vinden over of dit ook sterics omvat. Heeft iemand JANLA gebruikt?
De software is JANPA - ik heb hem tot dusver niet gebruikt.


ⓘ
Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...